Linux Mint viene con su propio juego de aplicaciones (Mint tools) con el objetivo de hacer más sencilla la experiencia del usuario.
MintUpdate
Diseñado especialmente para Linux Mint, y desarrollado para los usuarios que instalan actualizaciones prescindibles o que requieren un nivel de conocimiento para configurarlas apropiadamente. MintUpdate asigna a cada actualización un nivel de seguridad (que va de 1 a 5), basado en la estabilidad y necesidad de la actualización, según el criterio de los desarrolladores líderes. Esta herramienta se incluye por primera vez en la edición 4.0 Daryna.
MintInstall
Sirve para descargar programas desde los catálogos de archivos .mint que están alojados en el Portal de Software de Linux Mint. Un archivo .mint no contiene el programa, pero si contiene toda su información y recursos desde los cuales será descargado.
MintDesktop
Usado para la configuración del escritorio. MintDesktop ha recibido una mejora significativa en la versión 4.0.
MintConfig
Un centro de control personalizable, que facilita la configuración del sistema.
MintAssistant
Un asistente personalizable que aparece durante el primer acceso (login) del usuario, guiándole por varias preguntas para personalizar la base de Mint de acuerdo con el nivel de conocimiento del usuario y su comodidad con varios componentes de Linux.
MintUpload
Un cliente FTP, integrado al menú contextual de Nautilus, con el fin de facilitar la compartición de archivos de forma sencilla y rápida. Básicamente, el archivo es alojado en un servidor FTP, con capacidad limitada a 1 Gigabyte por usuario (ampliable al comprar el servicio Mint-space). Para compartir el archivo basta con posicionarse sobre él, hacer clic derecho y elegir la opción "upload", luego aparecerá una ventana desde la cual se elige el perfil "Default" y se hace clic en en botón "upload". Finalmente se espera a que el archivo sea subido. Cuando se haya completado el alojamiento, en la parte inferior de la ventana de mintupload aparecerá el hiperenlace de descarga del archivo.
MintMenu
Es un menú escrito en python que permite plena personalización de textos, iconos y colores. Mantiene un aspecto similar al menú de openSUSE 10.3
MintBackup
Programa que facilita el respaldo y posterior restauración tanto de archivos de usuario como de software del sistema.
MintNanny
Es un programa que permite restringir el acceso a ciertas páginas de internet definidas por el usuario.
